La Institución Educativa Nuestra Señora del Carmen de Popayán, se creó mediante acuerdo entre la Comunidad Religiosa de las Hermanas Franciscanas de María Inmaculada y el gobierno departamental del Cauca, según Decreto N°102 de abril de 1951. Desde entonces, la Comunidad Religiosa orienta el desarrollo académico y administrativo de esta institución educativa.
La Institución Educativa, desde sus comienzos funcionó en el antiguo convento de las Hermanas Carmelitas situado en el centro histórico de la ciudad de Popayán. Las actividades escolares se iniciaron en octubre de 1951 con un total de 112 estudiantes distribuidas en los grados cuarto y quinto de primaria y primero de bachillerato.
En 1957, 14 alumnas reciben su título de bachiller. En 1958 se fundó la Asociación de Exalumnas Franciscanas y en 1975 la Asociación de Padres de Familia. Por ese mismo año se creó el Centro Nocturno donde las alumnas de los dos últimos grados realizaban el servicio social obligatorio e igualmente se creó la cooperativa de padres de familia.
A comienzos de los años ochenta, el colegio ocupó el primer lugar en las pruebas ICFES a nivel del departamento y fue uno de los más destacados a nivel nacional.
El terremoto de 1983 destruyó la planta física de la Institución, lo que hizo que las clases se dieran en las horas de la tarde en diferentes salones de otros colegios de la ciudad. Gracias a las ayudas oficiales y al esfuerzo propio, en 1984 se comenzó a construir la nueva sede que se entregó dos años después, ubicada en el barrio La Estancia perteneciente a la comuna N°3 de la ciudad de Popayán. En 1989 se inició el preescolar con los niveles de pre kínder y kínder.
Desde el año 2011, la Institución Educativa se ha mantenido en desempeño muy superior en las pruebas Saber 11, egresando estudiantes que están en los 100 primeros puestos a nivel nacional. Actualmente cuenta con más de 1300 estudiantes de los grados Preescolar, Básica Primaria y Media Vocacional y se perfila como la Institución Educativa más reconocida en el sector oficial a nivel departamental.